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36協定の特別条項と健康確保措置：令和8年9月の監督指導見直しを踏まえた実務対応

deviseanew
9月2日
読了時間: 9分
福祉・医療連携を表すイラスト。書類、受付の女性、建物、握手、電話、家族、カレンダー、チェック表、ハートと＋が淡い青とベージュ背景に並ぶ】【。


令和8年8月19日、厚生労働省は36協定の特別条項に関する労働基準監督署の指導方針を見直すと発表し、同年9月1日より全国で実施されます。

これまでは、特別条項付き36協定を届け出た企業に対し、時間外労働が月45時間を超える場合に「月45時間以内」への削減を一律に求める指導が行われてきました。

今回の見直しにより、この一律指導は取りやめとなり、月45時間・年360時間などの法定上限規制はそのまま維持しつつ、加えて各事業場が36協定で定めた健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認する運用に変わりました。


出典：

1. 今回の見直しとは何か


見直しの背景と経緯

令和8年7月21日に閣議決定された「日本成長戦略」および「経済財政運営と改革の基本方針2026」において、「労働基準監督署において、重大・悪質な事案に対しては厳正に対応しつつ、労働時間や労働者の健康確保措置に関する労使の合意にのっとった指導が行われるよう速やかに見直す」とされたことを踏まえ、厚生労働省は令和8年8月19日に見直しを発表、同年9月1日より実施されます。


従来、労働基準監督署は特別条項付き36協定を届け出た企業（法律上は月100時間未満まで残業が可能）に対しても、時間外労働が月45時間を超える場合に「月45時間以内」への削減を一律に求める指導を行ってきました。


何が変わり、何が変わらないのか

変わること：

時間外・休日労働の時間数だけに着目して月45時間以内への削減を求める一律の指導を取りやめ、各事業場が36協定で定めた健康及び福祉を確保するための措置の実施状況を重点的に確認し、確認した状況に応じた必要な指導を行います。

なお、過重労働による健康障害が生じるおそれが高い場合には、引き続き必要な指導が行われます。


変わらないこと：

月45時間・年360時間などの法律上の上限規制は一切変わりません。

今回の見直しは法改正ではなく、労基署の指導運用の変更です。長時間労働を容認するものでは決してありません。


2. 36協定・特別条項の基本


36協定とは

36（サブロク）協定とは、労働基準法第36条に基づく労使協定です。

法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超えて時間外労働や休日労働をさせる場合、企業は労働組合、労働組合がない場合は労働者の過半数代表と書面で協定を結び、労働基準監督署に届け出る必要があります。


特別条項付き36協定とは

通常の36協定の上限（原則：月45時間・年360時間）を超えて、臨時的・特別な事情がある場合に限り、さらに時間外労働を延長できる仕組みです。

適用できるのは年6か月までであり、常態化は認められません。


「臨時的・特別な事情」とは、通常予見できない業務量の大幅な増加、突発的なトラブル対応、決算業務、大規模なシステム更新、納期が特に厳しいプロジェクトなど、一時的でやむを得ない状況を指します。


時間外労働の上限規制（罰則付き）

  • 原則：時間外労働は月45時間・年360時間以内

  • 特別条項適用時でも：年720時間以内

  • 特別条項適用時でも：単月100時間未満（休日労働含む）

  • 特別条項適用時でも：2〜6か月平均80時間以内（休日労働含む）

  • 月45時間を超えられるのは年6か月まで


3. 健康確保措置の内容と実務ポイント


特別条項付き36協定を締結する場合、企業は「健康及び福祉を確保するための措置」を協定に定めることが義務付けられています。

また、協定に定めた措置は限度時間を超えるたびに実施することが必要です。


① 医師による面接指導

時間外・休日労働が月80時間を超え、疲労の蓄積が認められる労働者から申出があった場合、医師による面接指導の実施が義務となっています。

特別条項付き36協定では、協定で定めた時間数（例：月45時間超など）を超えた労働者に対して面接指導を実施することを協定に明記します。

労働者から申出があった後、概ね1か月以内に面接指導を実施することが必要です（労働安全衛生規則第52条の3、基発第0224003号）。

面接指導の結果の記録は5年間保存が義務付けられていますので、面接指導の実施記録（日時・対象者・医師の所見・事後措置）を保管してください。


② 深夜業の回数制限

深夜時間帯（22時〜翌5時）の労働は心身への負担が大きいため、「月〇回まで」といった具体的な上限を協定に定めます。

法令上、回数の具体的な基準は定められておらず、各事業場の実情に応じて労使で協議の上、確実に実施できる回数を設定することが重要です。

勤務とシフトの管理と記録が必要となってきます。


③ 勤務間インターバルの確保

勤務終了から次の勤務開始まで一定の休息時間（例：11時間以上）を設けます。

「労働時間等の設定の改善に関する特別措置法」第2条により、勤務間インターバル制度の導入が事業主の努力義務とされています。


④ 代償休日・特別な休暇の付与

長時間労働を行った労働者に代償休日や特別休暇を付与します

（例：月の時間外労働が60時間超の場合、翌月に1日の特別休暇を付与）。

付与基準・付与実績・取得状況の記録を整備する必要があります。


⑤ 健康診断の実施

法定の健康診断に加え、長時間労働者への追加健康診断を実施します

（例：月の時間外労働が45時間超の労働者に年2回実施）。

異常所見があった場合は、事業者は医師（産業医）の意見を聴取し、その意見を踏まえて就業場所の変更・労働時間の短縮・配置転換等の事後措置を講じる必要があります。


⑥ 年次有給休暇の連続取得促進

指針では「年次有給休暇についてまとまった日数連続して取得することを含めてその取得を促進すること」と定められています。

取得計画の策定と上司・人事による取得推奨の記録を残しておいてください。


⑦ 心とからだの相談窓口の設置

労働者が心身の健康に関する悩みを相談できる窓口を設置します。

窓口の担当者は、社内の衛生管理者・産業保健スタッフでも、外部のEAP（従業員支援プログラム）でも、どちらでも認められます。

ただし、一定の知見を持つスタッフが対応することが望ましいとされています。


窓口の設置・周知をもって法令上の義務を果たしたことになりますが、相談内容や対応内容の記録保存、匿名性の確保、相談したことによる不利益取扱いの禁止を明示することが重要です。


⑧ 配置転換

長時間労働が常態化している部署や健康に不安を抱える労働者について、負担の少ない部署への配置転換を検討・実施します。

産業医の意見聴取・本人面談・転換後のフォローアップが必要です。


⑨ 産業医等による助言・指導・保健指導

産業医・保健師・看護師などの産業保健スタッフによる助言・指導・保健指導を実施します。

健康診断結果や労働時間の状況に基づき、個別に生活習慣の改善・ストレス管理・適切な休息の取り方などを指導します。


4. 36協定違反のリスク

違反の類型

36協定違反には大きく2つの類型があります。

  • 手続違反：36協定を締結・届出せずに残業を命じる場合、有効期限が切れている場合、締結手続きに不備がある場合など。

  • 上限規制違反：協定で定めた延長時間を超過して働かせた場合、法律が定める上限（年720時間・単月100時間未満・2〜6か月平均80時間以内等）を超えた場合。


罰則（労働基準法第119条）

  • 36協定なしで時間外労働をさせた場合：6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金

  • 法定の上限規制（年720時間・単月100時間未満等）に違反した場合：6か月以下の拘禁刑または30万円以下の罰金

※2025年6月1日より、懲役刑・禁錮刑は廃止され、拘禁刑に一本化されました。


行政上の対応

  • 是正勧告：労働基準監督署の調査により違反が認められた場合、是正勧告書が交付され、是正報告書の提出が求められます。

  • 送検：重大・悪質な違反は、労働基準監督官が司法警察員として捜査を行い、検察庁に送検される場合があります。

  • 企業名公表：悪質な長時間労働を行った企業は、厚生労働省により企業名が公表される場合があります。


今回の見直しとの関係

令和8年9月からの指導見直しにより、月45時間超への一律指導は取りやめとなりましたが、法定上限規制の違反、および36協定で定めた健康確保措置を実施していない場合は、いずれも引き続き指導・是正勧告の対象となります。

特に重大・悪質な事案については厳正に対応されることになります。


５. 実務上の重要ポイント

協定に定めた措置を確実に実施する

36協定に記載した健康確保措置は、単なる形式的な記載ではなく、実際に運用することが求められます。

労働基準監督署の調査では、協定の内容と実態が乖離していないかが重点的にチェックされます。措置を実施していない場合、協定違反として指導・是正勧告の対象となります。


記録を確実に残す

各種記録の保存期間は記録の種類によって異なります。

  • 健康確保措置の実施状況に関する記録：36協定の有効期間中および満了後5年間、当分の間は3年間保存とされています。

  • 面接指導の結果の記録：5年間の保存が義務となっています。

  • 労働者名簿・賃金台帳・出勤簿等：労働基準法第109条の条文上は5年間ですが、当分の間は3年間とする経過措置が設けられています。


健康障害予防の観点で実効性を確保する

面接指導を実施しても、その結果に基づく事後措置（業務軽減・配置転換等）が行われなければ実効性があるとは言えません。

産業医や保健スタッフと連携し、継続的に措置の質を向上させることが求められます。


特別条項は例外であり、常態化させない

毎月のように特別条項を適用している場合、「常態化」とみなされ協定違反となります。

年6か月の上限を守るとともに、業務の見直しや人員配置の最適化を進めることが必要です。


労働者への周知と理解促進

36協定の内容や健康確保措置について、説明会の開催・社内イントラネットへの掲載・パンフレットの配布など、多様な手段で労働者に周知します。

労働者が自らの権利と企業の義務を理解することで、適切な申出や相談が行いやすくなり、健康確保措置の実効性が高まります。


まとめ：今すぐ確認すべきチェックリスト


  • 特別条項付き36協定に健康確保措置が具体的に記載されているか

  • 協定に記載した措置を実際に実施し、記録を残しているか

  • 特別条項の適用が年6か月以内かどうか

  • 月45時間・年360時間の原則上限を超えていないか（特別条項適用時も上限規制を遵守しているか）

  • 医師による面接指導の申出窓口を整備し、労働者に周知しているか

  • 勤務間インターバルの確保状況を記録・管理しているか

  • 産業医と連携した健康管理体制が整っているか


36協定は、届出だけで終わりではありません。健康確保措置の実効性を高めることが、今回の見直しの核心です。自社の協定内容と実態を改めて点検し、必要に応じて社労士等の専門家に相談することをお勧めします。


キーワード　36協定　労働時間　特別条項　健康確保措置

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